故事讲述玻璃先生（塞缪尔·杰克逊 饰）发现大卫·杜恩（布鲁斯·威利斯 饰）正在追捕凯文·温德尔·克鲁伯（詹姆斯·麦卡沃伊 饰）的人格分裂化身之一“野兽”，而他手中则掌握对二者来说至关重要的秘密......

一场火车对撞的惨剧夺去131名乘客的性命，大卫•杜恩（Bruce Willis 布鲁斯•威利斯 饰）奇迹般地成为这场灾难过后的唯一幸存者，且浑身上下毫发无伤。在他参加遇难者追悼会之后，他在车窗上发现一张神秘便条，写道：“你这一生生过几次病？”

讲述尼克·弗瑞（塞缪尔·杰克逊 饰）重返地球，在塔罗斯（本·门德尔森 饰）、玛莉亚·希尔（寇碧·史莫德斯 饰）的帮助下，阻止斯克鲁人的入侵。